<div dir="ltr">Can you install glxgears and see if that works?  <div><br></div><div>I don&#39;t have a Debian box handy, but I *think* that would be:  sudo apt-get install mesa-utils &amp;&amp; glxgears</div><div><br></div><div>glxgears is a real simple opengl program, so the hope is to isolate some variables and hopefully reproduce the problem.</div><div><br></div><div>If glxgears displays a similar issue, I would try to confirm what video card you have.  Try lspci | grep -i vga</div><div><br></div><div>It looks like that system at least thinks you have an nvidia card (based on Gallium 0.4 on NV46), so if lspci says nvidia, I&#39;d try installing the proprietary drivers.  I&#39;d then try glxgears again.  Assuming that works I&#39;d try your application again.</div><div><br></div><div>Good luck!</div><div><br></div><div>--Bill</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 19, 2016 at 2:51 PM, Stephen P. Molnar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:s.molnar@sbcglobal.net" target="_blank">s.molnar@sbcglobal.net</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    First of all, thanks for the reply.  The results of your suggestion
    are:<br>
    <br>
    comp@AbNormal:~/Downloads$ glxinfo | grep render<br>
    direct rendering: Yes<br>
        GLX_MESA_multithread_makecurrent, GLX_MESA_query_renderer, <br>
        GLX_MESA_multithread_makecurrent, GLX_MESA_query_renderer, <br>
    OpenGL renderer string: Gallium 0.4 on NV46<br>
        GL_NV_blend_square, GL_NV_conditional_render, GL_NV_depth_clamp,
    <br>
        GL_OES_depth_texture, GL_OES_element_index_uint,
    GL_OES_fbo_render_mipmap, <br>
    <br>
    To me this, unfortunately, is a typical message - I have no idea as
    to the meaning.<br>
    <br>
    The catastrophe to which I made mention was two fold; (1)  the CPU
    fan failed which resulted in overheating and (2) the video card
    failed and was replaced.  Unfortunately, the repir tech didn&#39;t give
    me an information about the care, but I assume he installed the
    approp;riate drivers.  I&#39;ll check into that.<div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div>On 04/19/2016 11:56 AM, William E. T.
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      <div dir="ltr">This is a bit of a long shot, but my first gut
        reaction was to see if there is something wrong with opengl.
        <div><br>
        </div>
        <div>In doing a quick search for Avogadro, the screenshots seem
          to support the idea that it might use opengl.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>What video card do you have?</div>
        <div>If you run <span style="color:rgb(46,26,5);font-family:monospace;font-size:13.13px">glxinfo
            | grep render does it show direct rendering?<br>
            What&#39;s the </span><span style="color:rgb(46,26,5)">OpenGL
            renderer string?</span></div>
        <div><span style="color:rgb(46,26,5)"><br>
          </span></div>
        <div><span style="color:rgb(46,26,5)">I&#39;m not sure how much more
            of a help I&#39;ll be, but hopefully that gets you started down
            the right path.</span></div>
        <div><span style="color:rgb(46,26,5)"><br>
          </span></div>
        <div><span style="color:rgb(46,26,5)">--Bill</span></div>
        <div><span style="color:rgb(46,26,5)"><br>
          </span></div>
        <div><br>
        </div>
      </div>
      <div class="gmail_extra"><br>
        <div class="gmail_quote">On Tue, Apr 19, 2016 at 11:43 AM,
          Stephen P. Molnar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:s.molnar@sbcglobal.net" target="_blank"></a><a href="mailto:s.molnar@sbcglobal.net" target="_blank">s.molnar@sbcglobal.net</a>&gt;</span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            <div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US">
              <div>
                <p class="MsoNormal">I have a rather perplexing problem.</p>
                <p class="MsoNormal"> </p>
                <p class="MsoNormal">My main Linux computer is a two
                  year old (at least the most recent upgrade) 3.5GHz AMD
                  64 bit octa-core CPU. </p>
                <p class="MsoNormal"> </p>
                <p class="MsoNormal"> Due to a rather catastrophic
                  failure I have just upgraded the OS from Debian v-7.2
                  to Debian v-8.4.0.  I downloaded the DVD-1 and the
                  checksum was correct.  When I burned it to a DVD here
                  were no problems.  Nor, were there any problems with
                  the installation.</p>
                <p class="MsoNormal"> </p>
                <p class="MsoNormal">However, several of the
                  applications that I use on rather a daily basis are
                  acting rather strangely. A case in point is Avogadro,
                  which happens to be a part of the distribution and
                  therefore I didn’t have to compile the source code. 
                  It installed without any warnings or errors.  When I
                  run the application the graphic window is corrupted!
                    This is also the case with another application, VMD,
                  that I downloaded and installed.  Both application
                  worked without any problems in the previous Debian OS.</p>
                <p class="MsoNormal"> </p>
                <p class="MsoNormal">There are other applications that I
                  run, both in gui’s and terminals that continue to run
                  flawlessly in the new OS.</p>
                <p class="MsoNormal"> </p>
                <p class="MsoNormal">Now, if that isn’t confusing
                  enough, I tried something else.  I installed the Linux
                  VMWare Workstation 12 Player and installed the same
                  Debian 8.4.0 in that.  And .  .   . the display
                  problem no longer exists!</p>
                <p class="MsoNormal"> </p>
                <p class="MsoNormal">Obviously, I don’t want to have to
                  run the native Linux Distribution in an VM, but I
                  don’t have the faintest clue as to what is going on,
                  nor any inkling how to fix the problem.</p>
                <p class="MsoNormal"> </p>
                <p class="MsoNormal">Although I have been a computer
                  user since 1960’s I am an Organic Chemist and neither
                  a hardware or software person.</p>
                <p class="MsoNormal"> </p>
                <p class="MsoNormal">I would really be most appreciative
                  of any assistance.</p>
                <p class="MsoNormal"> </p>
                <p class="MsoNormal">Thanks in advance.</p>
                <p class="MsoNormal"> </p>
                <p class="MsoNormal">Stephen P. Molnar,
                  Ph.D.               Life is a fuzzy set</p>
                <p class="MsoNormal"><a href="http://www.molecular-modeling.net" target="_blank">www.molecular-modeling.net</a>    
                  Stochastic and Multivariate</p>
                <p class="MsoNormal"><a href="mailto:s.molnar@sbcglobal.net" target="_blank">s.molnar@sbcglobal.net</a></p>
                <p class="MsoNormal"><a href="tel:%28614%29312-7528" value="+16143127528" target="_blank">(614)312-7528</a>(c)</p>
                <p class="MsoNormal">Skype:  smolnar1</p>
                <p class="MsoNormal"> </p>
              </div>
            </div>
            <br>
            _______________________________________________<br>
            colug-432 mailing list<br>
            <a href="mailto:colug-432@colug.net" target="_blank">colug-432@colug.net</a><br>
            <a href="http://lists.colug.net/mailman/listinfo/colug-432" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.colug.net/mailman/listinfo/colug-432</a><br>
            <br>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      <pre>_______________________________________________
colug-432 mailing list
<a href="mailto:colug-432@colug.net" target="_blank">colug-432@colug.net</a>
<a href="http://lists.colug.net/mailman/listinfo/colug-432" target="_blank">http://lists.colug.net/mailman/listinfo/colug-432</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

<br>_______________________________________________<br>
colug-432 mailing list<br>
<a href="mailto:colug-432@colug.net">colug-432@colug.net</a><br>
<a href="http://lists.colug.net/mailman/listinfo/colug-432" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.colug.net/mailman/listinfo/colug-432</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>